Seine exegetischen Studien setzte er fort an der École biblique et archéologique francaise de Jérusalem unter M.-É. Boismard und bei einem Studienjahr an der Catholic University of America in Washington. 1984 promovierte er an der Facultad de Teología del Norte de España in Burgos.

Von 1987-1994 war er Direktor des Erzbischöflichen Studienkollegs in Madrid und (bereits seit 1983) Dozent am Centro de Estudios Teológicos San Dámaso, wo er u.a. „Einführung in die Heilige Schrift“ und „Paulusbriefe und Apostelgeschichte“ lehrte. Von 1991 bis 2005 hatte er dort den Lehrstuhl für Exegese inne. Daneben leitete er die Reihe „Studia Semitica Novi Testamenti“ und war Direktor des Instituts für klassische und orientalische Philologie San Justino in Madrid.

Er hielt zahlreiche Vorträge über die Historizität der Evangelien in Madrid, Mailand, Turin, Bologna, Rom, Florenz und Rimini und las an der Universität von New York, der katholischen Universität von Washington und der Universität von San Francisco über den historischen Gehalt der Evangelien. Neben zahlreichen Artikeln in verschiedenen Zeitschriften veröffentlichte er u. a.: Jésus, el Mesías manifestado. Tradición literaria y trasfondo judío de Hch 3, 19-26, Madrid 1993, und zusammen mit José Miguel García Pérez: Cuándo fueron escritos los evangelios. El testimonio de San Pablo, 2001, sowie Los supuestos relatos ficción y leyendas en los evangelios, 2004. Er war Direktor der spanischen Ausgabe der internationalen katholischen Zeitschrift Communio, der Zeitschrift Estudios Bíblicos wie auch der Bibliothek der theologischen Fakultät des San Dámaso-Kollegs in Madrid und des angeschlossenen Instituts für Religionswissenschaften.

Mit Javier Martinez (dem heutigen Erzbischof von Granada) und anderen Priestern rief er in den 70er Jahren die Bewegung Nueva Tierra ins Leben. Die Begegnung mit Mitgliedern der Bewegung Comunione e Liberazione (CL) in Madrid und schließlich mit dem Gründer dieser internationalen Laienbewegung, dem Priester Luigi Giussani, führte die große Mehrheit der Mitglieder von Nueva Tierra dazu, sich dieser Bewegung anzuschließen. 

Im September 2004 rief ihn Giussani nach Mailand, um ihn bei der Leitung von CL zu unterstützen. Nach dem Tod von Giussani am 22. Februar 2005 wurde er dessen Nachfolger und Präsident der Fraternität von Comunione e Liberazione. Seit Ende 2004 lehrt er außerdem an der Universitá Cattolica del Sacro Cuore in Mailand „Einführung in die Theologie“.

Vom 2. bis 23. Oktober 2005 nahm er als „Mitglied aufgrund päpstlicher Ernennung“ an der Bischofssynode über die Eucharistie teil. Am 3. Juni 2006 vertrat er CL auf dem Petersplatz beim Treffen Benedikts XVI. mit den kirchlichen Bewegungen. Am 24. März 2007 leitete er die internationale Wallfahrt von CL nach Rom, wo der Heilige Vater der Bewegung anlässlich des 25. Jahrestages der kirchlichen Anerkennung der Fraternität eine Audienz gewährte. Am 8. März 2008 wurde er von der zentralen Diakonie der Fraternität für weitere sechs Jahre als Präsident bestätigt. Im April 2008 ernannte ihn Papst Benedikt XVI. zum Berater des Päpstlichen Rates für die Laien.

Er ist Herausgeber der Reihe I libri dello Spirito cristiano (beim Verlag Rizzoli) und der CD-Reihe Spirto gentil, die beide L. Giussani begründet hat.